Per a una correcta visualització de les molècules amb Jmol cal:
Tenir instal·lat el JAVA en el nostre ordinador.
Millor si l'actualitzem amb la última versió.
Tenir habilitat el Java en el navegador (IExplorer i Firefox -Mozilla-).
Això hauria de permetre veure les molècules amb IExplorer sense problemes.

Tanmateix amb el Firefox, de vegades hi ha conflictes de permisos quan el Java intenta baixar-se una molècula, per tant és possible que una pàgina es vegi bé amb IExplorer i amb el Firefox doni un missatge d'error com aquest,


Aleshores tenim dues opcions:
-Utilitzar preferentment l'IExplorer i passar del Firefox. És una bona opció si no sou anti-Bill Gates!!
-Intentar solucionar l'error que mostra el Firefox. Per a militants del "codi obert"
No és difícil ni perillós, només cal seguir les instruccions següents:

- Actualitzar el navegador Firefox amb la última versió, potser això soluciona ja el problema.
- Obrir la consola de Java per saber quina és la última versió que tenim instal·lada:
    [panel de control]>[Java]>[Acerca de]
- Buscar en C: la carpeta on està aquesta versió del Java, per exemple:
    C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0_03
- Trobareu un fitxer anomenat java.policy en la carpeta \lib\security
    C:\Archivos de programa\Java\jre1.6.0_03\lib\security
- Aquest fitxer conté instruccions sobre els permissos que Java té per baixar arxius i executar-los en un applet com Jmol.
- Farem una còpia de l'arxiu, per seguretat.
- Obrirem el fitxer java.policy amb WordPad
- Dins l'apartat grant {}; hi afegirem una frase, que hauria de quedar així

grant {
    permission java.net.SocketPermission "213.176.161.13:80", "connect,resolve";
};

- Desarem l'arxiu amb el nom original: java.policy

L'únic que hem fet és donar permís al Java perquè quan el Firefox descarregui l'arxiu d'una molècula, des de BMols, pugui mostrar-la amb l'applet Jmol.

Tancarem el navegador i en tornar-lo a obrir el Java ja incorporarà el nou permís i tot hauria de funcionar. Al menys a mí m'ha anat bé.

Trobareu informació més tècnica a:
http://www.proactiva-calidad.com/java/swing/applet_seguridad.htm